پیش‌نویس اصلاحیه قانون اتاق بازرگانی نمایندگانی از سازمان‌ها و نهادهای مختلف حاکمیتی و دولتی در بخش نظارت بر اتاق‌ها را پیش‌بینی کرده است. این موضوع با انتقاداتی مواجه شده است زیرا به عنوان یک تهدید برای استقلال اتاق بازرگانی تلقی می‌شود. محمود نجفی‌عرب و جمال رازقی جهرمی بر این نکته تاکید کرده‌اند که حضور نمایندگان سه قوه در شورای‌عالی نظارت، استقلال اتاق را تحت‌تاثیر قرار می‌دهد.

پیش‌نویس اصلاحیه، تغییراتی در نحوه برگزاری انتخابات اتاق و ترکیب هیات‌نمایندگان را شامل می‌شود. از جمله این تغییرات، کاهش تعداد نمایندگان اتاق بازرگانی تهران از 40 نفر به 30 نفر و کاهش تعداد هیات‌نمایندگان اتاق ایران به 350 نفر است. همچنین، حذف برخی از نمایندگان تشکل‌ها و منتخبان اتاق‌ها از هیات‌نمایندگان اتاق ایران و عضویت مستقیم 20 نماینده دولتی در اتاق ایران مورد انتقاد قرار گرفته است.

پیش‌نویس اصلاحیه همچنین تغییراتی در نحوه تخصیص بودجه اتاق‌ها را شامل می‌شود. برای مثال، 3 در‌هزار و 4 در‌هزار ابتدا به خزانه واریز می‌شود و سپس به اتاق‌ها تخصیص داده خواهد شد. این تغییرات نیز با نگرانی‌هایی در مورد استقلال مالی اتاق‌ها همراه است.

کارشناسان و فعالان اقتصادی بر این باورند که این اصلاحیه‌ها اتاق بازرگانی را به سمت یک دپارتمان دولتی سوق می‌دهد و نه تنها استقلال اتاق را تضعیف می‌کند، بلکه ماهیت کارشناسی آن را نیز تحت‌تاثیر قرار می‌دهد. آنها معتقدند که چنین قانونی نه دولت و بدنه حاکمیت را منتفع خواهد کرد و نه بخش‌خصوصی را قوی‌تر خواهد کرد.

محسن جلالپور، رئیس اسبق اتاق بازرگانی ایران، پیشنهاد کرده است که خود اتاق بر اساس نیازها و تجارب خود این اصلاحیه را تهیه کند و در کمیسیون اقتصادی مجلس از آن دفاع کند. او بر این باور است که اصلاحیه باید جامع‌تر و کامل‌تر بررسی شود تا بتواند منافع ملی و بخش‌خصوصی را به درستی تأمین کند.

در مجموع، اصلاح قانون اتاق بازرگانی با هدف ارتقای توانمندی‌های بخش‌خصوصی و رفع ضعف‌های موجود آغاز شده است، اما پیش‌نویس کنونی با انتقادات زیادی مواجه است زیرا به نظر می‌رسد که این اصلاحیه‌ها استقلال و کارایی اتاق بازرگانی را تحت‌تاثیر قرار می‌دهند.